通过整形修剪可使扁桃树体生长旺盛、健壮，结果枝在树体中分布均匀，从而达到稳产高产的目的。在修剪过程中，应每年短截更新1/5的结果枝，因为扁桃的短果枝经过5年才能形成。选择1-3.5厘米粗的枝条短截，以促新梢生长，然后培养成结果枝。对位置适当的萌蘖枝，也可以培养为结果枝。采收后修剪不会降低树体的营养水平和次年产量。故修剪可从果实采收后开始。
扁桃的树形一般采用自然圆头形、分层形、杯状形、开心形等，但采用最多的是三主枝开心形。
一、幼树修剪。定植后从距地面80厘米左右处剪截定干。在苗圃中生长旺盛的苗木有很多有小分枝，定干时如果有分枝位于适合主枝的位置，可留1-2个芽短截，培养成主枝。位置不当时要全部剪去。
在第1年的生长季要进行夏季修剪，以促使树体生长、节省营养物质。具体做法是当新梢长到8-10厘米时选定主枝，其余新梢留几片叶摘心，4-6周后再检查1遍，把多余的及位置不当的枝去掉。若夏季修剪做得好，冬季选择主枝时就容易。通常选留3个主枝，这3个主枝要均匀分布，距离15-20厘米。
扁桃生长势强，分枝力也强，一般情况下主枝延长枝不短截。但由于风的作用，树体不平衡时要短截。小枝不剪以利早结果。
第2年夏季修剪时剪除多余的枝条（如根蘖和低位的新梢等）。冬季修剪时选好主枝，培养侧枝和结果枝，主枝长到80-100厘米时培养侧枝，促使树体长大，早结果，但不要修剪过重。
二、结果树修剪。扁桃多数品种以极短果枝结果为主，短枝的结果能力一般维持5-7年，所以每年要有计划地更新12-20%的结果枝。短截一些长势弱的枝条，以促使尽快生长。结果树要适度短截，以使树体抽生新梢，培养新的结果短枝，以取代结果能力差的短枝。因此，要及时短截直径1-3.5厘米粗的老枝。只有每年进行短截和疏枝，才能保持一定量的结果枝和产量。
修剪是否得当可根据生长量判断。通常情况下，10-12年生的树年新梢生长量为15-30厘米。
对生长季萌发的大量萌蘖枝，要根据位置和稀密处理，无用者尽早疏除。对位置适合、将来有可能代骨干枝者保留培养。
三、老树修剪。对于衰老的扁桃树，可通过重截骨干枝和增施氮肥来促进树体生长。短截（回缩）侧枝的同时，疏除小而弱的枝条。但重截后第2年会产生很多萌蘖，需疏掉过密枝条。用保留的萌蘖枝代替老而无产量的枝，建立新的树冠。
删除处理。