新华书店总店是中央一级图书、音像出版物大型批发企业，隶属中国出版集团。新华书店总店具有丰富的书业营销运作经验，在长期发展中，构筑了全国性的购销网络、仓储运输网络和资金结算网络，具备集约化、规模化经营条件。为适应图书市场日益发展的需要，在图书发行业务中加大高新科技手段的利用，正在建设全国出版物信息网络系统和企业管理系统。
新华书店总部授予代理商某地区独家代理权，在该地区存在一家由代理商开设的专卖店地区总店和若干家加盟店，所有的加盟店均享有一公里半径区域新华书店产品的独家垄断经营权，避免同店之间的恶性竞争，确保加盟者的长期利益。加盟店在业务上接受地区总店的管理、指导和监督，新华书店总部对所有专卖店提供全程经营指导服务。
新华书店连锁组织是新华书店和各地中心连锁店共同组成的非法人组织。新华书店作为连锁中心的发起者、组织者和管理者，行使新华书店连锁中心的职能，对新华书店连锁组织进行全方位管理。连锁店作为新华书店连锁组织的一员必须遵守新华书店制定的有关管理制度，接受中心的监督、管理和指导。新华书店连锁组织的所有成员必须共同努力扩大连锁经营行业范围，加快连锁企业改革。
成立中国新华书店协会是新华书店系统发扬光大品牌、协调发展、维护系统权益的非常必要的举措，是进一步完善市场经济体制，充分发挥行业自律作用、加大服务功能、促进系统沟通、增进内部交流、倡导市场运作机制的一种必要的手段，也是中国入市后我国市场经济与国际接轨的客观要求。今后的市场运作更多是靠协会来完成，由协会制定行规行约，使各级新华书店在公平、民主、协调的环境下进行运行。
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